Tools version 3.4.0 dev, nf-test 0.9.2 (basically latest on codespaces from the modules repo from this PR: https://github.com/nf-core/modules/pull/8917

Same error for Fastqc:

gitpod /workspaces/nf-core_modules (controlfreec_lint) $ nf-core modules test


                                          ,--./,-.
          ___     __   __   __   ___     /,-._.--~\ 
    |\ | |__  __ /  ` /  \ |__) |__         }  {
    | \| |       \__, \__/ |  \ |___     \`-._,-`-,
                                          `._,._,'

    nf-core/tools version 3.4.0.dev0 - <https://nf-co.re>


? Tool name: fastqc
? Choose container software to run the test with Docker
INFO     Generating nf-test snapshot                                                                                                                             
╭─────────────────────────────────────────────────────────────────────── nf-test output ────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│                                                                                                                                                               │
│ 🚀 nf-test 0.9.2                                                                                                                                              │
│ <https://www.nf-test.com>                                                                                                                                       │
│ (c) 2021 - 2024 Lukas Forer and Sebastian Schoenherr                                                                                                          │
│                                                                                                                                                               │
│ Load .nf-test/plugins/nft-bam/0.5.0/nft-bam-0.5.0.jar                                                                                                         │
│ Load .nf-test/plugins/nft-compress/0.1.0/nft-compress-0.1.0.jar                                                                                               │
│ Load .nf-test/plugins/nft-vcf/1.0.7/nft-vcf-1.0.7.jar                                                                                                         │
│ Load .nf-test/plugins/nft-csv/0.1.0/nft-csv-0.1.0.jar                                                                                                         │
│ Load .nf-test/plugins/nft-utils/0.0.3/nft-utils-0.0.3.jar                                                                                                     │
│ Load .nf-test/plugins/nft-fastq/0.0.1/nft-fastq-0.0.1.jar                                                                                                     │
│ Load .nf-test/plugins/nft-anndata/0.1.0/nft-anndata-0.1.0.jar                                                                                                 │
│ Error: java.lang.IllegalStateException: Shutdown in progress                                                                                                  │
╰───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
╭──────────────────────────────────────────────────────────────────────── nf-test error ────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ Picked up JAVA_TOOL_OPTIONS:                                                                                                                                  │
│                                                                                                                                                               │
╰───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
INFO     Generating nf-test snapshot again to check stability                                                                                                    
╭─────────────────────────────────────────────────────────────────────── nf-test output ────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│                                                                                                                                                               │
│ 🚀 nf-test 0.9.2                                                                                                                                              │
│ <https://www.nf-test.com>                                                                                                                                       │
│ (c) 2021 - 2024 Lukas Forer and Sebastian Schoenherr                                                                                                          │
│                                                                                                                                                               │
│ Load .nf-test/plugins/nft-bam/0.5.0/nft-bam-0.5.0.jar                                                                                                         │
│ Load .nf-test/plugins/nft-compress/0.1.0/nft-compress-0.1.0.jar                                                                                               │
│ Load .nf-test/plugins/nft-vcf/1.0.7/nft-vcf-1.0.7.jar                                                                                                         │
│ Load .nf-test/plugins/nft-csv/0.1.0/nft-csv-0.1.0.jar                                                                                                         │
│ Load .nf-test/plugins/nft-utils/0.0.3/nft-utils-0.0.3.jar                                                                                                     │
│ Load .nf-test/plugins/nft-fastq/0.0.1/nft-fastq-0.0.1.jar                                                                                                     │
│ Load .nf-test/plugins/nft-anndata/0.1.0/nft-anndata-0.1.0.jar                                                                                                 │
│                                                                                                                                                               │
│ Test Process FASTQC                                                                                                                                           │
│                                                                                                                                                               │
│   Test [bfe67bdb] 'sarscov2 single-end [fastq]' PASSED (51.125s)                                                                                              │
│   Test [cb0f5ac6] 'sarscov2 paired-end [fastq]'                                                                                                               │
╰───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
╭──────────────────────────────────────────────────────────────────────── nf-test error ────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ Picked up JAVA_TOOL_OPTIONS:                                                                                                                                  │
│                                                                                                                                                               │
╰───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
CRITICAL Ran, but found errors:                                                                                                                                  
          - nf-test failed                                                                                                                                       
          - nf-test failed

Unclear to me why, the process was successful based on the .nextflow.log

or for the second test